Perubahan iklim adalah faktor utama yang mempengaruhi pengeluaran beras tempatan di Malaysia, menurut para penyelidik pertanian. Namun demikian, mereka menyatakan bahawa cuaca yang tidak menentu, termasuk banjir dan panas yang terlampau, bukanlah satu-satunya faktor yang menyebabkan ketidakstabilan bekalan beras di Malaysia. Fatimah Mohamed Arshad, seorang felo perunding dari Institut Pertanian Tropika dan Keterjaminan Makanan Universiti Putra Malaysia, menghubungkan gangguan domestik dalam pengeluaran beras di Malaysia dengan El Nino. Dia menjelaskan bahawa corak hujan yang tidak menentu dan suhu yang berubah-ubah serta gelombang haba yang dibawa oleh El Nino telah mempengaruhi pengeluaran beras di Lembaga Kemajuan Pertanian Muda (Mada). Pengeluaran beras di Mada dianggarkan akan berkurang sebanyak 20 peratus. Di samping itu, saintis juga meramalkan bahawa 100 peratus wilayah Asean telah terjejas oleh El Nino, dan kesannya terhadap India adalah kira-kira 60 peratus.
Bekalan beras tempatan yang terkawal iaitu bernilai RM2.60 sekilogram menjadi tidak stabil dengan adanya aduan daripada pengguna bahawa mereka menghadapi kesulitan untuk mendapatkannya. Laporan daripada Malaysiakini telah memaparkan bahawa tiada beras tempatan yang dijumpai di beberapa pasar raya dan pasar raya besar di Lembah Klang. Walau bagaimanapun, Malaysia bukanlah satu-satunya negara yang terjejas oleh perubahan iklim. India, sebagai pengeluar beras terbesar di dunia, telah melarang eksport beras bukan basmati selepas tanaman padi rosak akibat hujan lebat. Kebimbangan terhadap kesan El Nino dan larangan eksport oleh India telah menyebabkan kenaikan kira-kira 20 peratus dalam harga beras di negara-negara pengeksport utama seperti Thailand dan Vietnam. Negara-negara lain seperti Emiriah Arab Bersatu dan Myanmar juga telah menggantung eksport beras mereka. Sementara itu, Indonesia telah mencatatkan peningkatan besar dalam import beras dalam tempoh lapan bulan pertama tahun ini untuk meningkatkan stok komoditinya.
Fatimah, dalam ulasan lanjutnya, menegaskan bahawa tanah yang telah dikimia terlalu banyak tidak mempunyai masa yang mencukupi untuk pulih bagi penanaman semula, dan ini menyebabkan pengeluaran beras tempatan menjadi rendah. Dia juga menyebut bahawa faktor lain yang menyumbang kepada ketidakstabilan bekalan beras tempatan termasuklah kurangnya pekerja migran secara legal yang melintasi sempadan akibat wabak dan juga peranang Rusia-Ukraine. Semuanya bergantung kepada bekalan dan permintaan di pasaran, terutamanya India sebagai pemain utama. Menurut Fatimah, pengeluaran beras akan terjejas dalam beberapa tahun akan datang.
Nurfitri Amir Muhammad, penyelaras Forum Keselamatan dan Kedaulatan Makanan Malaysia, juga berkongsi pandangan yang sama dan menyatakan bahawa terdapat masalah lain yang menyebabkan ketidakstabilan bekalan beras tempatan. Dia mengatakan bahawa kenaikan harga beras global akibat kekurangan bekalan telah menyebabkan pemborong dan peruncit tempatan terlibat dalam aktiviti haram seperti membungkus semula beras tempatan dan menjualnya sebagai beras import dengan harga yang lebih tinggi. Nurfitri mencadangkan bahawa kerajaan perlu mengambil tindakan tegas terhadap aktiviti tersebut.
Nurfitri merujuk kepada kenyataan Presiden Pertubuhan Peruncit Bumiputera, Ameer Ali Mydin, yang mempersoalkan apakah pengilang padi menggunakan taktik tidak beretika untuk memanfaatkan lonjakan harga. Padiberas Nasional Bhd (Bernas) juga telah menaikkan harga jualan beras putih import di seluruh negara. Menteri Pertanian dan Keselamatan Makanan, Mohamad Sabu, telah mengeluarkan amaran keras kepada pengilang yang melakukan aktiviti haram tersebut. Bagaimanapun, untuk masa ini, tidak ada bukti kukuh mengenai dakwaan pembungkusan semula beras.
Walaupun dakwaan tersebut benar, Nurfitri berkata bahawa kerajaan tidak boleh berbuat banyak kerana beras yang telah dilabelkan secara salah sudah berada di pasaran. Namun demikian, pihak berkuasa masih boleh mengambil tindakan dengan merampas beras yang disyaki sebagai beras import dan memprosesnya semula untuk dibungkus semula sebagai beras tempatan. Nurfitri juga mencadangkan agar Putrajaya meneliti semula mekanisme penetapan harga terkawal bagi beras tempatan yang telah tidak berubah sejak 2008. Menurutnya, kos pengeluaran beras meningkat setiap tahun sedangkan harga terkawal kekal sama, yang menyebabkan jurang harga yang besar.